伊头遗作：机关的调教师兼摄影师，超能力为精神感应，可以感应周围的超能力、魔术的存在，拥有大范围全视角的视觉，并可以把看到的景象转化为录像。

巴瑟梅罗。萝蕾：时钟塔院长辅佐，有魔导公主美誉，极其敌视吸血鬼，被双子控制。

紫藤浩一：父亲是资深议员，目前在床主市私立藤美学园当老师，为机关提供资金的金主之一，同时也在享受机关提供的服务。

言峰绮礼：人称麻婆神父，没有感情，只有看到别人的不幸和痛苦才会感到愉悦。圣杯战争之后转到床主市担任机关的二把手。

木原幻生：科学侧的恶党，与机关是合作关系。

罗伊格尔与札尔：罗伊格尔与札尔（lloigor*****************达奇：黑礁商会首领，前海军陆战队队员，战斗力超强，主要业务为军火，偶尔也会卖毒品或者贩卖人口。

本尼：绰号“贝尼男孩”（bennyboy），黑礁商会的机械师、电脑专家、司机。

坂东：鹫峰组代理组长，暗中拐卖少女拍摄色情录像牟利，绑架了佐天泪子和初春饰利，被毒岛冴子发现线索，最后鹫峰组被高坂京介、毒岛冴子、御坂美琴三人联手剿灭。

查卡：鹫峰组的小黄毛，鹫峰组被剿灭时逃走。

汉赛尔与葛丽特：罗马尼亚籍的双胞胎杀手，以“糖果屋”童话里的兄妹命名，外表看似两名天真无邪的兄妹（姊弟），但是骨子里是凶残冷血的杀人魔，他们相信吸血鬼的传说，认为杀人可以为自己带来不朽，由于两人以“哥哥”、“姊姊”相称，而且常常交换身份，因此难以分辨。

高坂大介：主人公的父亲，身为刑警，却长着一张流氓脸。

须乡伸之：sos团旁边电研社的社长，父亲是某电脑公司的老总，富二代，其父后来代理了时钟塔制造的完全潜行游戏刀剑神域，坑了京介的邻居桐谷和人和大萝莉结城明日奈。