而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法，在筛选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。

宇智波一族发动政变也被木叶高层注意，团藏也因此策划着一举铲除宇智波一族以绝后患的计划。因为他无法信任宇智波一族，所以夺取了本想阻止宇智波一族谋反的止水的右眼，并以“可以保全佐助的性命”为理由叫双重间谍身份的宇智波鼬做出选择。鼬一方面为了村子的未来，一方面为了保护弟弟佐助，而接受了灭族任务，并在之后成为叛忍，团藏的计划得以继续实行。

在“根”解散后，团藏曾一度失势，但仍有其成员待在暗部，甚至是继续效忠团藏。当纲手继任为第五代火影时，团藏对她继续贯彻日斩的政策而有所不满，并在新卡卡西班成立时安排自己的亲信佐井进入新卡卡西，让佐井在新卡卡西班的任务中暗杀已经成为叛忍的佐助，但后来由于种种原因而导致暗杀佐助的任务失败。团藏得知此事后，说出“感情带来仇恨，仇恨导致战争”的话语。

之后“晓”的首领佩恩为了捕获九尾而袭击木叶，团藏为了趁机夺取火影之位，而杀了正要前往妙木山通知战事的联络蛙孝介，试图隐瞒战事来牵制住鸣人的行动范围[11]；并召集过去的“根”成员，下令让木叶陷于佩恩入侵的苦战中而不伸出援手。纲手在佩恩入侵一战后因虚耗过度陷入昏迷中，团藏便趁机在火之国会议中直指纲手已不能履行职责，应委任新一任火影，更力数过往火影治理上的不当，唯有自己才是最理想的人选，最终被大名指定为“第六代火影”。

团藏在成为火影后立刻将宇智波佐助定为叛忍并下达追杀令，亦允许雷之国忍者前往追杀。

前往参加五影会谈，他利用先前夺取的止水写轮眼控制了铁之国大将三船，企图夺取忍者联军控制权，但被拥有白眼的雾忍青所识破。

于是团藏向其他四影说出自己有意效法初代火影统一各个族落那样来统一整个忍者世界，并且会不惜一切代价来完成这个目的，这样忍者世界才能步入真正“和平”的道路，但他的想法遭到其他四影的反对。

而此时佐助也因为宇智波带土的讲述而知道关于鼬的真相，打算杀死木叶高层来告慰鼬的遗憾，并乱入五影会谈的会场企图刺杀团藏。佐助的行动遭到其他各影以及铁之国武士的阻止，团藏在混乱之中逃脱。

以“眼”对话的战斗

佐助在会场中被宇智波带土所救，之后和带土一同追上逃离会场的团藏。团藏利用先前获得的宇智波族人写轮眼施展了禁术“伊邪那岐”，让佐助发动的攻击变得无效。但在最后佐助利用写轮眼的幻术破解了团藏的伊邪那岐，团藏因此身受重伤，为了保存实力而挟持了在场的香磷打算逃跑，但一心复仇的佐助完全不顾香磷的安危，将团藏和香磷一同贯穿。团藏在临死前为了死守止水之眼，发动了里四象封印术打算与佐助、带土同归于尽，但最终失败。团藏在临死前感叹到自己到最后都没能成为火影，自己无论如何都无法追上日斩。并评价日斩和自己道“你是沐浴阳光的木叶。我是深埋地下的根。

反正疾风看到这个家伙就来气，要不是他回应后期，不会有那么多悲剧的人物，就在疾风思考时，们嘭的被踹开了。疾风惊呆了，完全被吓到了。